Есть такая проблема, исправлена только в 5.85.02. Остатки портятся при резервировании и снятии резервов в накладных на внутреннее перемещение и в накладных на отпуск в розницу. Если в накладной на перемещение зарезервировать 10 штук, потом строки накл. удалить, то резерв остается. Ну и еще в некоторых случаях.
Так что или постоянно пересчитывайте остатки или переходите на 5.85.02
Это на всех версиях галактики в большей или меньшей степени. + зависит от загрузки системы. Если работает 1,5 человека - ошибок миниум. Если хотите разобраться, включайте журналирование. Мы до сих пор не нашли критерия появления ошибок в системе. Одна и та-же операция, выполненная в разные моменты времени приводит к разным результатам. Не делайте крутых проверок, объединений и прочих операций в рабочее время.